新型エスティマの収納関係でもっとも特筆すべきなのは、サードシートを床下収納方式としたこと。ラゲッジフロアにはたっぷりとした容量を持つスペースが与えられ、その部分にサードシートを反転して収納することが可能となっている。さらにGグレードとアエラスGパッケージでは、オプションとして電動収納装置も装着することができる。このサードシート収納部は、10インチのゴルフバッグを収めることも可能だ。

　サードシートを収納した状態では、最大1240mmの奥行きを持つラゲッジスペースを造り出すことができる。7名定員モデルはセカンドシートを展開状態でしか前進させることができないが、8定員モデルならセカンドシートがチップアップするのでフロントシートの後ろ側ぎりぎりまでシートを前進させることが可能。圧倒的に広いラゲッジルームを作り出すことが可能だ。

　各種のポケッテリアはフロントシートを中心とした設定。ダッシュボードまわりには、運転席正面にボックスを用意。助手席正面には上下段の2段構えとなるグローブボックスを用意。さらに、GグレードとアエラスGパッケージの7名定員モデルでは、前後に944mmの移動が可能なセンターコンソールボックスも設定される。