新型エスティマは3列のシート配列を採用。フロントシートはセパレートタイプ、セカンドシートは2名用のセパレートと３名用のベンチの2種、サードシートは3名用のベンチとなる。Xグレードはセカンドシートがベンチタイプの8名定員のみだが、ほかのグレードはすべて、7名定員、8名定員のモデルがラインナップされている。

　先代に比べて40mmも全高を低くしているが、同時にフロア高も20mmダウン、各種の調整などにより室内高は10mm減少にとどまっている。またホイールベースを50mmと大幅に延長したことによって、室内空間はたっぷりとした広さが確保された。

　各シートのヒップポイントはフロントが730mm、セカンドが760mm、サードが800mmと後ろにいくにしたがって高くなる設定で、各席の視界をしっかりと確保している。

　シートアレンジは回転や対座などの機構はなく、普通に乗車したときの快適性を重視した設定。セカンドシートがセパレートタイプとなるモデルは、オットマンが装着され、よりゆったりとした乗車が可能となっている。